Perpustakaan UNUSA awalnya berada pada naungan Biro Informasi dan Perpustakaan Universitas Nahdatul Ulama Surabaya. UNUSA sendiri diresmikan pada 2 Juli 2013.
Embrio berdirinya berawal sejak tahun 1979, yakni berupa berdirinya Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) oleh Yayasan Rumah Sakit Islam Surabaya (YARSIS). Kemudian dalam perjalannannya berdiri pula Akademi Keperawatan YARSIS (tahun 1985), sedangkan SPK berubah menjadi Akademi Kebidanan YARSIS (tahun 1997). Masing masing memiliki fasilitas perpustakaan sendiri, hingga akhirnya pada tahun 2006, 2 institusi tersebut (AKPER-AKBID) YARSIS melakukan penyatuan institusi dan konversi menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Yayasan Rumah Sakit Islam Surabaya (STIKES YARSIS), di sinilah perpustakaan pun melakukan penggabungan hingga tahun 2013.
Saat ini, setelah institusi berkembang dari Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan menjadi Universitas, Perpustakaan pun telah berkembang menjadi Perpustakaan Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya (UNUSA) dan kini berada pada naungan Direktorat Akamawa dan Perpustakaan Universitas Nahdlatul Ulama Surabaya (UNUSA).